A főosztály végzi, koordinálja és támogatja a környezetegészségügyi és toxikológiai állami feladatként ellátott alaptevékenységeket a környezeti elemek és egyéb jogszabályban hozzárendelt közegek (így különösen a víz, talaj, levegő, hulladékok) minőségére irányuló vizsgálatok és értékelések, módszertani fejlesztés és irányítás, szabályozás tudományos megalapozása terén. Kémiai, mikrobiológiai és ökotoxikológiai és toxikológiai vizsgálatokat végez és végzi a vizsgálati módszerek fejlesztését, részt vesz a szakterületéhez tartozó jogszabályok előkészítésében. Szakmai útmutatókat, körleveleket, tájékoztatókat készít; rendszeres kapcsolatot tart más szakmai intézetekkel; jártassági körvizsgálatokat szervez hazai vizsgáló laboratóriumok számára. Részt vesz orvosok, szakorvosok, egyéb, szakirányú egyetemi végzettségűek, közegészségügyi-járványügyi felügyelők, asszisztensek graduális, posztgraduális és szintentartó továbbképzésében; közreműködik és együttműködik felsőoktatási és egyéb szakterületéhez kapcsolódó intézmények által irányított képzési és továbbképzési feladatok ellátásában; egyéni továbbképzési lehetőséget és szakmai irányítást biztosít főiskolai, egyetemi, illetve PhD hallgatók számára. Tudományos kutatást folytat a nemzetközi gyakorlatban bevált új eljárások hazai bevezetésének érdekében; tudományos, oktatási és szakmai publikációs tevékenységet végez; hazai és nemzetközi szinten tudományos szakmai együttműködést folytat, részt vesz hazai és nemzetközi kutatási hálózatokban, infrastruktúrákban, tudományos pályázatokban.

A főosztály szervezeti egységei:

• Környezetegészségügyi Laboratóriumi Osztály
  • Levegőhigiénés Laboratórium
  • Talajhigiénés Laboratórium
  • Vízhigiénés Laboratórium
• Toxikológiai Laboratóriumi Osztály
  • Kísérletes Biológiai Laboratórium
  • Molekuláris Toxikológiai Laboratórium
  • Ökotoxikológiai és Kockázatbecslési Laboratórium
  • Vastagbélszűrési Laboratórium