A főosztály tevékenysége minden közegészségügyi szempontból releváns területre kiterjed (víz, levegő, talaj, hulladék, zaj, illetve élelmezés és táplálkozási terület, kórházi beltéri környezet, élelmiszer). A természeti és épített környezettel kapcsolatosan egészséghatás- és kockázatbecslést végez, például a hőhullámok, levegőminőség, vízminőség, illetve az étrend-kiegészítőkre vonatkozóan. Működteti Magyarország közegészségügyi csúcslaboratóriumát, amely a közegészségügyi biztonsági területen végez vizsgálatokat. A főosztály adja a hazai vastagbélszűrés teljes laboratóriumi hátterét.

A vízhigiénés szakterület a hazai vízbiztonság alapját jelentő országos ivóvíz- és fürdővízminőségi szakrendszer (HUMVI) szakmai üzemeltetését és felügyeletét, adatainak elemzéseit végzi. Ellátja a fürdővizek hazai minősítését, valamint országjelentéseket készít az EU és a WHO számára. Környezeti legionella laboratóriumi vizsgálatokat végez, és közreműködik az ezzel kapcsolatos járványok kivizsgálásában. Vizsgálja az ivóvizet, a természetes és mesterséges fürdővizeket, valamint az ásvány- és gyógyvizeket. Vizsgálja és szakvéleményezi az ivóvízzel és fürdővízzel érintkező anyagokat és termékeket. A laboratórium végzi a szennyvízalapú közegészségügyi biztonsági és epidemiológiai vizsgálatokat is, amelyek alapján előrejelzéseket készít (pl. szennyvízvizsgálat alapján COVID-előrejelzés, influenza poliovírus-mentesség igazolása).

A levegőhigiénés szakterület a légszennyezettség szintjének megállapítására végez vizsgálatokat a környezeti levegőben és a belső terekben egyaránt. Felméri a légszennyezettség egészségkárosító hatásait, és javaslatot tesz csökkentésükre. Napi rendszerességgel térképen is kiértékeli Budapest és az ország nagyvárosainak levegőminőségét. A beltéri és kültéri levegőminőséget érintő kérdésekben ajánlásokat dolgoz ki az oktatási intézmények számára. Vizsgálja a klímaváltozás biológiai és kémiai hatását a levegőminőségre. Szakmailag irányítja a hazai Aerobiológiai Hálózatot, és részt vesz a biológiai allergének (pollenek, gombák) monitorozásában. Naponta frissülő polleninformációs szolgáltatást működtet, amely napi pollenjelentéssel és előrejelzéssel, valamint térképes parlagfű pollen-előrejelzéssel segíti az allergiásokat. A laboratórium Humán Biomonitoring Hálózatot működtet, rendszeres felméréseket végez a lakosság körében, és értékeli az egészségkockázatot.

A talajhigiénés szakterület kémiai és mikrobiológiai szempontból vizsgálja a talaj és a felszín alatti vizek szennyezettségét, a folyékony és szilárd települési hulladékokat, az ipari és mezőgazdasági hulladékokat, a termésnövelő anyagokat, továbbá a veszélyes hulladékokat. Elemzi a talajszennyezettség humán kockázati tényezőit és környezetegészségügyi hatásait. Vizsgálatokat végez a talaj és a hulladék toxikus elemeire és szerves szennyezőanyagaira vonatkozó határértékekre és a fertőzőképességi mikrobiológiai határértékre.  

Mindemellett in vivo és in vitro toxikológiai, továbbá ökotoxikológiai vizsgálatokat és kockázatbecsléseket végez a különböző vegyi anyagok és készítmények, szennyezett környezeti közegek biológiai tulajdonságainak megismerésére, valamint a lakosságot érintő kémiai ártalmak felismerésére, kockázatainak értékelésére és csökkentésére. Emellett elvégzi az országos vastagbélszűrési program keretében beérkezett minták laboratóriumi diagnosztikai vizsgálatát.

A főosztály részeként működő Kémiai, Zaj-, Rezgés- és Világítástechnikai Laboratórium a munkakörnyezeti monitorozás, a munkahelyi kémiai biztonság és egyéb rokonterületeken előforduló veszélyes anyagok minőségi azonosítását és mennyiségi meghatározását végzi. Foglalkozik a dolgozók zaj- és rezgésexpozíciójának meghatározásával, a munkahelyek, a munkafolyamatok zaj- és rezgésterhelésének mérésével, a környezeti zaj vizsgálatával, a környezeti és munkahelyi infra/ultrahang mérésével, valamint a munkahelyek megvilágításának vizsgálatával is.

Az élelmezés és táplálkozás módszertani szakterület az élelmiszerek, ezen belül az étrend-kiegészítők szakmai véleményezésével és kockázatértékelésével foglalkozik. Szakértői feladatokat lát el az élelmiszer jelölésével, tápanyagösszetételével kapcsolatosan. Részt vesz az élelmiszerekben nem javasolt gyógynövények listájának kialakításában és az új élelmiszerek szakmai véleményezésében.

A főosztály tudományos, oktatási és szakmai publikációs tevékenységet végez, részt vesz az orvosok, szakorvosok, népegészségügyi ellenőr hallgatók képzésében, továbbképzési lehetőséget és szakmai irányítást biztosít főiskolai, egyetemi, illetve PhD hallgatók számára.

Nemzetközi vonatkozásban az Egészségügyi Világszervezet (WHO) hazai Környezet és Egészség, illetve Víz és Egészség fókuszponti, valamint elnöki feladatait látja el Európa vonatkozásában. Továbbá képviseli Magyarországot a szakterületéhez kapcsolódó EU-s bizottságokban. A WHO a főosztályt Együttműködő Központnak (WHO Collaborating Center) jelölte ki 2023-ban. Mindezek mellett tagja az EHTF (Environment and Health Task Force) Bureau-nak.